En el período del Bakumatsu , en 1864 una revolución social esta a punto de estallar en Kioto, con el fin de derrocar al actual gobierno para implantar una democracia. Sin embargo muchas familias le son todavía fieles al shogun actual y una tremenda batalla esta a punto de comenzar, dividiendo al país en dos bandos. En esta batalla, años mas tarde participaría un hombre conocido como Hitokiri Battousai, el asesino mas famoso de Japón.

Todo comienza con  un pequeño niño, llamado Shinta, quien ha sido vendido a unos traficantes de esclavos ya que sus padres han muerto de cólera. Tras efectuarse  la venta, los hombres asesinan a los  hombres y mujeres que se encontraban con Shinta, las mujeres tratando   de defenderle la vida al pequeño niño son asesinadas cruelmente ante sus ojos. Oportunamente aparece Hiko Seijuurou, el tercer heredero del "Hiten mitsurugi", quien se dedicaba a salvar y liberar a la gente perseguida por esta clase de opresores, quienes abusando de su poder, mataban y esclavizaban gente a voluntad. Nuestro héroe de la historia que seguía siendo un niño pequeño, fue rescatado y salvado por Hiko, quien mata uno a uno a los vándalos. Después de este enfrentamiento, Shinta entierra los cuerpos de los bandidos y de las mujeres, Hiko sorprendido  le pregunta el porque también enterró los cuerpos de los asesinos y el pequeño le responde que todos tienen derecho a sepultura y descansar en paz.. Hiko se da cuenta de la bondad del corazón de Shinta y le explica la importancia de saber protegerse de la gente opresora de aquel tiempo caótico. Decide llevarse a Shinta y hacerlo su discípulo y lo renombra como "Kenshin" ya que pensó que al convertirse en guerrero, no podía tener un nombre tan delicado, además Kenshin era un nombre apropiado para un guerrero que manejara una espada. Fue así que se convertiría en el maestro de Kenshin, lo entrenaría y enseñaría el arte del "Hiten Mitsuruji"

Pasa el tiempo y Kenshin  a los catorce años, ya muy bien entrenado y tras unas cuantas discusiones con su maestro decide seguir su propio camino para cambiar el período despiadado y salvar a los inocentes, pero Hiko le dice que lo único que hará es convertirse en un asesino, ya que para salvar a unos tendrá que matar a otros aun así es un idiota que no entiende y que lo deja libre de hacer lo que quiera. Fue así que durante un reclutamiento de voluntarios para luchar contra del Shogunato, conocería a "Kogoro Katsura" y a "Shinsaku Takatsuragi", ellos formarían parte del grupo de los "Kihetai". Tras hacer amistad con "Takatsuragi" y "Katsura" se dirigen a Kioto para asesinar a los hombres claves del gobierno.
En aquel enfrentamiento, Kenshin muestra sus grandes habilidades y deja claro en combate, que es un guerrero tremendamente fuerte y poderoso a pesar de su corta edad. Kogoro queda asombrado ante las hailidades de Kenshin y le ofrece ser parte de un nuevo grupo de asesinos que luchen por una nueva era. Ellos se bautizarían como los "Ishinshishi" y   Kenshin solo aceptaría seguir siendo un asesino y  le conocerían por el nombre de "Hitokiri Battousai" o tambien conocido como "Battousai el Destajador", por su poder con la espada.  En una de sus misiones, Kenshin se dirige a Kioto a matar a "Jubei Shigekura", la mano ejecutora de Kioto,   Jubei quien en esos momentos sostenía una conversación con su guardia personal, de nombre "Akira Kiosato", quien le contaba lo feliz que estaba porque pronto tomaría por esposa a una mujer muy bella, en esos momentos aparece Battousai y en la contienda  mataría en cuestión de segundos a "Jubei" y luego se enfrentaría con "Akira Kiosato", quién a pesar de demostrar su valor cae muerto a manos de Kenshin, pero no sin antes dejarle una herida en su mejilla izquierda, que mas adelante se vería como una prominente cicatriz.. Culmina la misión de Kenshin con gran éxito pero aquel encuentro le dejaría secuelas en su vida.

Tiempo después en uno de sus muchos enfrentamientos, asesina a uno de los hombres del shogun, supuestamente un espía de   los "oniwabanshu" quien le esperaba escondido para atacarlo, aquel hombre se avalanza sobre Kenshin  y  como es obvio Kenshin lo mata y segundos después seda cuenta que hay una chica observandole quien ha quedado bañada con la sangre de aquel hombre caído a manos de Kenshin. Ella lo observa atentamente, mientras Kenshin no sabe que hacer, si debe silenciarla porque ha sido visto, pero elle le dice "tu eres el encargado de hacer llover... la lluvia de sangre" con esta frase Kenshin queda muy impactado y suelta su espada luego la chica se desmaya. El la lleva a una posada donde se estaban quedando los revolucionarios, la mujer que lo atiende queda asombrada al ver que Himura ha llevado a una chica. Al día siguiente la chica se queda ayudando a las demás mujeres con las labores domésticas. Kenshin le pide que se vaya  porque no es un lugar para que una chica como ella se quede. Ella le dice que es "un gato perdido" que no tiene familia y que desea quedarse y se presenta con el nombre de Tomoe y al parecer ella ha sido abandonada a su destino por su familia y no tiene ningún lugar a donde ir. Mientras tanto dentro de los revolucionarios, se encuentra la terrible noticia de que hay un espía dentro de ellos, ya que Kenshin en su último encuentro había sido emboscado. El líder de los "Ishishinshis" hace que investiguen a Tomoe ya que no le conocen, tras investigarla se dan cuenta que ella no es. Tomoe le pide a Kenshin que lo acompañe en la noche que la mujer de la posada le ha dado  su día libre y kenshin acepta, ambos van a una taberna y disfrutan de un poco de "saque", pero en esos momentos aparece un hombre alertando a Kenshin que debe irse de ahí que los  han aparecido los hombres del "Shisengumi". Mientras   el ejército del gobierno ahora sabiendo que traman los revolucionarios se prepara para dar un ataque directo. La organización de la revolución aunque fue severamente dañada por el ataque del gobierno, no muere y deciden realizar un nuevo plan. Kenshin se lleva a Tomoe y ambos van a la posada pero ahí les están esperando los Shisengumi, Kenshin le dice a Tomoe que huya pero ella le pide que la deje observar como asesina a  aquellos hombres, Kenshin los derrota uno a uno, pero aparecen mas hombres y debe escapar con Tomoe por detrás de la posada, de camino se encuentran con "Kogoro" , el líder de los "Ishisnshis" y les dice que deben huir a las montañas que ahí deberán permanecer escondidos como una pareja de recién casados para que no sospechen de ellos. Pasa un mes y Kyoto es incendiado

Kenshin y Tomoe comienzan su vida como una pareja de casados, plantan hortalizas y  Kenshin se hace pasar por un comerciante. Semanas después aparece uno de los hombres de los Ishisnshis y le dice a Kenshin que le ha llevado medicinas para que las venda en el mercado y asi no sospechen de él, después se marcha. Mientras Tomoe siente que poco a poco se va enamorando de Kenshin, a quien no puede entender ya que como puede ser tan cruel asesino y tambien tener un corazón tan puro, todo lo que le ocurre en compañía de Kenshin ella lo escribe en su diario. 

Llega el invierno y con el la nieve y ya es difícil ir al pueblo a vender medicinas asi que Kenshin le dice a Tomoe que esperarán que pase el invierno para regresar a Kioto.
Días después aparece "Enishi" el hermano menor de Tomoe para convencerla que le abandonde, pero ella le dice que no se preocupe que regrese con su padre, Enishi mira a Kenshin con gran odio pero se marcha.  Tomoe siente que se ha enamorado de Kenshin y lo mira con gran melancolía al recordar como  su prometido fué asesinado,  Tomoe le dice a Kenshin porque nunca le ha preguntado de su pasado, pero este le dice que lamenta no poder comunicar a su padre de la situación en que estan viviendo pero que solo es momentánea y que de su pasado no tiene derecho a saberlo y juzgarlo, aun así Tomoe le cuenta que ella había sido comprometida con un hombre de niña y que no se había realizado por que en el período caótico de Kioto había sido asesinado. Kenshin aun no sabe quien era el prometido de Tomoe, pero le dice que él la protegerá siempre, Tomoe se avalanza a sus brazos y se deja amar por Kenshin.

Al día siguiente Tomoe escribe en su diario, lo guarda y luego abandona a Kenshin diciéndole, "Tu fuiste capaz de robarme mi felicidad, pero también fuiste capaz de devolvérmela"   luego se aleja de la cabaña y se dirige a una cabaña donde se encontraba el líder "el lobo Mibu" ella aparece ante él y le informa que Kenshin es un hombre bueno que solo combate por sus ideales, con esto se da por sabido que Tomoe era la espía, pero ella trata de convencer a Mibu que no termine con Kenshin, el hombre la mira y le dice que no entiende a las mujeres, como se pudo enamorar del hombre que mató a su prometido y que su misión había sido encontrar el punto débil de Himura y aquel punto débil era ella, ya que hasta el más despiadado asesino era capaz de enamorarse, de encontrar el amor y que eso lo llevaría ala tumba. Tomoe no logra convencer a aquel hombre y trata de quitarse la vida pero el la detiene.
Mientras Kenshin es visitado por el mismo hombre que le había llevado las medicinas y este le cuenta que Tomoe era la informante del gobierno y que si no le cree que lea el diario de ella. Kenshin lee el diario y se da cuenta que aquel hombre que había matado en Kyoto y que le había provocado la cicatriz en su mejilla era "Akira Kiosato" el prometido de ella, ahora entendía toda la melancolía que la rodeaba y va en su búsqueda fuera de sí. En el camino se encuentra con un grupo de ninjas que trata de detenerlo a pesar de salir lastimado llega donde esta   Tomoe, allí se enfrenta éon Mibu quien tiene mucha fuerza en sus manos y brazos y golpea fuertemente a Kenshin, pero este esta fuera de sí y comienza a gritar "yo te protegeré Tomoe" y toma su espada y atraviesa a Mibu, pero no se da cuenta que Tomoe se interpuso entre ellos para evitar que Mibu asesinara a Kenshin, la cruel jugada del destino hizo que Kenshin atravesara a Tomoe y Mibu, ella cae en un mar de sangre y le pide perdón por lo ocurrido y toma su daga y le hace una segunda  cicatriz en su mejilla como recuerdo cruel de toda aquella situación, ahora estaría marcado en su rostro con una prominente cruz, un amargo recuerdo de lo ocurrido. El hermano de Tomoe ha observado todo y ha quedado boquiabierto con la situación sin haber podido hacer nada. Kenshin se lleva a Tomoe  para darle sepultura en  la cabaña donde vivieron momentos felices y después de despedirse de ella la incendia y se dirige a Kioto con "Kogoro Katsura"  que le ha dicho que descubrieron el informante y que él le ha dado de muerte, ya que era uno de los mismos  revolucionarios que se encargó de planear todo e inmiscuir a Tomoe, utilizándola como objeto para llevar a cabo sus planes.

Kenshin regresa a Kioto y vuelve hacer el Hitokiri Battousai, derrota al Shisengumi y  promete que luchara hasta crear una nueva era donde puedan ser mas libres y que logrado ese objetivo dejara de asesinar y se volverá en un hombre de paz, así ocurre todo y Kenshin deja en la historia grabado su nombre, como el asesino que más hombres mató pero que a su vez tenía un corazón capaz de cambiar a las personas.

Un trágico fin para la vida de un Battousai que afectará a su mente dividiéndola entre el Hitokiri y el apacible y cálido Kenshin. Aquel guerrero que tenía por nombre Kenshin,  que llevaría por significado  "El corazón de la espada" calzaría perfectamente con su personalidad, ya que era tan letal y peligroso como una espada pero con un corazón lleno de bondad.

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